香港浸会大学理学院多年来在教学与研究范畴方面表现超卓，开办理论与实践并重的研究生课程，为有志提升专业水平的社会精英奠定良好的学术基础，课程设计与时并进，切合香港及内地市场需求。理学院於2013学年共开办六个授课式研究生课程,分别为高级信息系统理学硕士、分析化学理学硕士、环境及公共卫生管理理学硕士、绿色科技(能源)理学硕士、资讯科技管理理学硕士和运筹学及商业统计学理学双硕士。所有课程均设有一年全日制修读模式，部分设有两年兼读制修读模式，成绩优异者更有机会获得丰厚奖学金。
因应本地及国内信息技术市场对有关专才的需求日益增加，香港浸大理学院计算机科学系为有意在相关领域的进修的人士设计了高级信息系统理学硕士课程。由于计算机科学系对区内信息技术市场有深厚认识，并与多间本地科技企业有紧密联系，所以能确保课程内容及所应用的技术符合业界的最新趋势。课程同时为学员提供常用的信息系统软件及工具的实践经验，学员将有机会学习当代最先进的信息系统和构成系统的相关工具及软件，成为信息系统及相关领域的专才。
浸大的分析化学为全香港最强。分析化学理学硕士课程开办于1992年，是香港以至东南亚唯一的同类课程，为有意在分析化学、检测及认证和相关领域进修的人士设计，并因应社会对食物安全检测的要求，课程现加增食物安全检测选修课。定期举办讲座，邀请从事相关范畴的专业人士主讲。本课程收生范围广泛，有不少教师、实验室职员、政府化验所及检测公司职员、化学制品销售员，甚至医生报读此课程。学员不限于化学本科生，也有不少环境、医药、食品背景的人士报读。
一般教授环境管理的课程，多偏重环境学或工程，少有教授环境与人类健康的联系。浸大的环境及公共卫生管理理学硕士课程是香港唯一将环境与公共卫生管理知识相结合的相关课程。课程针对现时社会重视食物安全的情况，增加教授食物安全的比重，同时加强职业健康的知识。
随着世界工业化和城市化进程的迅速推进，绿色能源的开发和利用是世界各国面临的一个重大热点问题。绿色科技（能源）理学硕士课程依托浸大物理系多年来的教学科研经验，为相关专业本科毕业生提供进一步深造的平台，以使其适应未来内地和香港在绿色能源、低碳经济、环境监测领域以及相关政府职能部门对高级人才的需求。本课程以高级理论知识为基础，通过丰富有趣的专题实验强调培养学生的动手实践能力。专题涉及环境监测、低碳科技、光伏器件、半导体照明、电动汽车以及传统重点行业节能减排等绿色科技项目。
课程针对香港信息技术行业朝向高增值的发展方向，让学员掌握先进的信息技术及管理知识，并将这些技术和管理知识融会贯通。课程中的必修科"信息技术论坛"，定期邀请信息技术界的重量级人物作报告，例如介绍银行界中最新的信息技术发展；并与学员分组聚餐，让学员有机会与行内人士 交流。
浸大数学系及英国肯特大学(University of Kent)于2007年合办「运筹学及商业统计学双硕士课程」，肯特大学的教师每年都会来香港承担多个科目的教学。学员修毕此课程后，可以同时取得两所院校的硕士学位。课程结合浸大理学院及肯特大学商学院的特色，教授建立模型及数据分析的学问，学员既可学习运筹学及商业统计学的专业知识，也可以体验西方的教学方式，掌握双重优势。
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